Avec presque 60 Km de linéaire côtier et plus d'un tiers de son territoire communal encore composé d'espaces naturels remarquables, Marseille cache bien son jeu derrière les affres d'une métropole tentaculaire et frénétique. De l'emblématique paysage des calanques aux petits secrets de ses îles farouches, cet environnement méditerranéen extrêmement typé recèle une biodiversité insoupçonnée voire parfois extravagante.
L'archipel de Riou est situé au Sud de Marseille, face aux célèbres calanques de calcaire dont il est en réalité le prolongement. Il est composé de quatre îles principales (Maire, Jarre,Plane et Riou) et de nombreux îlots. Sa distance du continent est comprise entre 30 mètres pour la plus proche des îles (Maire) et 3 Km pour la plus éloignée (Riou)
L'archipel du Frioul est quant à lui situé dans la rade de Marseille, à quelques encablures du vieux Port, et est constitué de trois îles principales (Pomègues, Ratonneau et If).
 Au premier abord, ces îles apparaissent comme de gros rochers séchés par le soleil, balayés par le vent et les embruns et où la vie semble impossible. Cependant, situées à proximité d'une agglomération de plus d'un million d'habitants, elles se révèlent un véritable sanctuaire pour de nombreuses espèces végétales et animales qui trouvent ici un refuge loin des menaces du continent. Le nombre d'espèces présentes y est relativement faible, mais un grand nombre d'entre elles figure sur les listes des espèces remarquables et d'intérêt patrimonial. C'est ainsi que sur 324 espèces végétales répertoriées sur l'archipel de Riou, 18 sont protégées par la loi comme le Lys des sables ou le Thymélée tartonraire.
Les îles de Marseille constituent également un sanctuaire pour de nombreuses espèces animales menacées avec par exemple la présence du Phyllodactyle d'Europe, petit gecko qui atteint ici sa limite de répartition Nord Ouest et un de ses derniers refuges en France. Mais la particularité de ces îles est surtout à mettre à l'actif de l'avifaune. C'est ainsi que l'on peut y rencontrer le Faucon Pèlerin, le Merle bleu, le Hibou Grand Duc et de nombreux oiseaux marins pélagiques qui nichent en sympatrie (un seul autre cas en Méditerranée est connu aux Baléares).
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